制冷系統的選擇對于凍干機的質量非常重要，其中凍干機制冷系統主要是壓縮機和蒸發器的選擇。制冷系統可以說是凍干機的核心，在選擇壓縮機的時候還會有水冷式凍干機、風冷式凍干機和SMD凍干機之分。
　　
　　一般情況下，水冷式凍干機選用全封閉壓縮機為主。因全封閉壓縮機功率小，價格相對便宜；風冷式凍干機一般選用半封閉壓縮機為主；風冷式凍干機選用半封閉壓縮機，在選用時，也可考慮選用氨制冷壓縮機，因為氨制冷壓縮機功率大，并可一機多用，但安裝及管理比較煩瑣。
　　
　　而在凍干機蒸發器的選用時，高溫凍干機以選用冷風機為蒸發器，其特點是降溫速度快，但易造成冷藏品的水分損耗；中、低溫凍干機選用無縫鋼管制作的蒸發排管為主，其特點是恒溫效果好，并能適時蓄冷。凍干機在我們的工廠設備中發揮著巨大的作用，特別是對于現在空壓機的工業時代，冷干機很好的對空壓機有著后處理功能的輔助設備，讓空壓機效率更加完善，給我們一個好的工作環境和工作效率。